Две клучни работи, односно прашања, се причината поради која заглавиле преговорите на македонско-бугарската комисија. Првото се учебниците, односно текстовите посветени за Цар Самоил. Од македонска страна предлогот бил дека е преставник на средновековното бугарско царство, но и дека е независно царство. Од бугарска страна се инсистираше да биде претставен само како царство кое ја наследува традицијата на првото бугарско царство.
Вториот голем проблем е употребата на придавката македонски во самиот протокол на разговорите. Записниците се потпишуваат на македонски јазик согласно Уставот на Република Северна Македонија и на Бугарски јазик согласно Уставот на Бугарија. Но, бугарската комисија е против употребата на придавката македонски во самиот протокол односно разговорите.
„Главниот проблем е употребата на придавката македонски во самиот протокол, односно кога ние ја употребуваме, и колегите се разбира од Бугарија во текот на дискусиите и потоа тоа го преточуваме во протоколот, таа употреба на придавката македонски е проблематизирана од нивна страна започнувајќи од седмиот протокол натаму. До шестата средба немаше таква средба“, истакна Драги Ѓоргиев.
Бугарија во едни случаи се повикува на билатералниот договор, а во други на Преспанскиот договор со Грција.
„Кога беше спомената Преспа од страна на колегите од Бугарија, ние рековме, добро тогаш Преспа предвидува целосно признавање на македонскиот јазик, јасно го одредува, каков е и кој е. Во тој случај тогаш Преспа не важи, тогаш се повикуваат на билатералниот договор, што за наш беше изненадување бидејќи според нас тоа е селективно користење на самата Преспа и одредбите на Преспанскиот договор“, вели Петар Тодоров.
Сепак, членовите на македонско-бугарската комисија и во емсијата Клик Плус потенцираа дека во ниту еден момент на овие средби не се преговарало за македонскиот идентитет и македонскот јазик. Преговорите не се прекинати, ќе продолжат во формат на мини средби.